Soudní exekutor stanovuje náklady exekuce závazně až příkazem k úhradě nákladů exekuce dle ustanovení § 88 exekučního řádu. Podle informací, které má Exekutorská komora ČR k dispozici, však doposud ve věci vyklizení bývalé plicní kliniky příkaz k úhradě nákladů exekuce vydán nebyl. Náklady exekuce tedy soudní exekutor doposud závazně neurčil a nestanovil.

Náklady exekuce v sobě zahrnují nejen odměnu soudního exekutora, ale mimo jiné také náhradu paušálně určených či účelně vynaložených hotových výdajů, to vše včetně příslušné daně z přidané hodnoty, a dále náklady oprávněného (SŽDC). Mediálně zmiňovaná částka představuje předběžně vyčíslené předpokládané náklady exekuce, jejichž vynaložení soudní exekutor předpokládal a nezávazně odhadnul ještě před samotným provedením exekuce vyklizením. V případě, že by účastníci řízení považovali náklady exekuce (včetně odměny soudního exekutora) stanované závazně až příkazem k úhradě nákladů exekuce za nepřiměřené, mohou proti tomuto příkazu podat námitky ve lhůtě osmi dní od jeho doručení. Nevyhoví-li soudní exekutor těmto námitkám v plné míře rozhodne o nákladech i o odměně exekutora ve výsledku exekuční soud. Dlužno dodat, že náklady exekuce v sobě zahrnují nejen odměnu soudního exekutora, ale mimo jiné také náhradu paušálně určených či účelně vynaložených hotových výdajů, to vše včetně příslušné daně z přidané hodnoty, kterou je soudní exekutor povinen odvést státu, a dále náklady oprávněného.

Samotný výpočet odměny exekutora v případě provedení exekuce vyklizením probíhá podle pravidel stanovených ustanovením § 7 vyhlášky č. 330/2001 Sb. (tzv. exekuční tarif), jímž je soudní exekutor povinen se řídit. Podle citovaného ustanovení odměna exekutora činí 10.000,- Kč za každou vyklizenou nemovitost, stavbu, byt nebo místnost. Rozhodnou roli při určení celkové odměny exekutora hraje znění exekučního titulu. Takto stanovená odměna přitom nepředstavuje čistý zisk soudního exekutora, neboť z ní soudní exekutor musí po odečtení příslušných daní dále hradit náklady na vykonavatele a další zaměstnance a veškeré náklady na provoz exekutorského úřadu.

Závěrem nelze bohužel přehlédnout, že drtivá většina nákladů vzniklých v souvislosti s touto exekucí nebude nikdy uhrazena, resp. bude hrazena z veřejných rozpočtů, tedy z prostředků těch, kteří řádně plní své povinnosti. Mezi takové náklady lze počítat náklady na straně SŽDC, náklady související policejní asistencí či náklady na rozhodování soudů.